طبق بند ۲۲ ماده ۳ آیین نامه سازمان بنادر و دریانوردی مصوب سال ۱۳۴۸ مجلسین و الحاقیه تبصره مصوب سال ۱۳۸۷ مجلس شورای اسلامی، این سازمان موظف است از ساخت و ساز و یا بهره برداری از تاسیسات و تجهیزات فاقد مجوز از سازمان بنادر و دریانوردی از طریق مراجع ذیصلاح قانونی جلوگیری کند.
به منظور حفاظت از خط سواحل کشور از آسیب های ناشی از ساخت و ساز های غیر اصولی مربوط به تاسیسات دریایی و بندری، کلیه متقاضیان اعم از حقیقی و حقوقی موظف اند قبل از اقدام جهت ساخت سازه دریایی از این سازمان مجوز های ساخت و تأسیس و بهره برداری را اخذ کنند.